En el palacio arzobispal de Zaragoza, el 9 de octubre de 1646, se produjo un acontecimiento que marcaría un punto crucial en la historia de España. En ese día, falleció el príncipe Baltasar Carlos, hijo del rey Felipe IV (1621-1665) y la reina Isabel de Borbón (1621-1644).
Baltasar Carlos había realizado múltiples visitas a Zaragoza durante el último año de su vida. El contexto de la Guerra de los Treinta Años (1618-1648) había llevado al rey a buscar el aprecio de los aragoneses, y para lograrlo, llevó a su hijo Baltasar Carlos a ser jurado como príncipe heredero en el verano de 1645.
Durante su estancia en la ciudad, se vivió un ambiente festivo, aunque moderado debido al reciente fallecimiento de la reina. El príncipe se convirtió en la esperanza de revitalización de la monarquía y del poder de los Austrias mayores.
Después del juramento en Aragón, Felipe IV y su hijo se dirigieron a Valencia y, posteriormente, a Navarra, donde se repitieron las ceremonias. Sin embargo, en Pamplona, el príncipe enfermó de fiebre, lo que retrasó su llegada a Zaragoza.
Su presencia allí era esencial para avanzar en las negociaciones con los brazos del reino de Aragón y cerrar las Cortes. Finalmente, el sábado 2 de junio de 1646, Felipe IV y Baltasar Carlos llegaron a Zaragoza.
Durante los meses siguientes, mientras se desarrollaban las conversaciones con las Cortes, se progresó en las negociaciones para el matrimonio del príncipe con su prima Mariana de Austria. Durante este período, el palacio arzobispal, actualmente sede del Alma Mater Museum, sirvió como su residencia.
El 5 de octubre, día en que se conmemoraba el segundo aniversario de la muerte de la reina, el rey y el príncipe asistieron a oficios religiosos en su memoria. No obstante, el 6 de octubre, el príncipe comenzó a sentirse enfermo y permaneció en cama durante cuatro días. Su enfermedad se caracterizó por fuertes dolores en los riñones y la espalda que duraron toda la noche. A pesar de diversos remedios, su sufrimiento no cesó.
Baltasar Carlos recibió la comunión y pudo confesarse con el arzobispo de Zaragoza, fray Juan Martínez. Además, el Patriarca de las Indias le administró la extremaunción. Paralelamente, se llevaron a cabo procesiones religiosas y oraciones en Zaragoza y Madrid para interceder ante Dios por la recuperación del príncipe.
La Virgen de la Cogullada, considerada milagrosa, se trasladó desde el convento de Jesús al otro lado del río Ebro en dirección a la Seo de Zaragoza, mientras se preparaba la procesión de la Virgen del Portillo, protectora de la ciudad. Trágicamente, Baltasar Carlos falleció en Zaragoza la noche del 9 de octubre de 1646 debido a la viruela que azotaba el país, después de recibir la comunión y la extremaunción por la mañana.
El cuerpo del príncipe fue colocado en el salón grande del palacio arzobispal de Zaragoza. Felipe IV donó el corazón y otras vísceras de Baltasar Carlos a la ciudad, que las depositó en el presbiterio de la Seo, en el lado del Evangelio. En 1658, la iglesia metropolitana encargó una placa de mármol negro para cubrir este lugar de enterramiento ubicado en el altar mayor. Este gesto fue apreciado como un acto de deferencia y afecto por parte del monarca hacia la ciudad.
Además, Felipe IV eligió al prelado que acompañaría al príncipe Baltasar Carlos hasta El Escorial, que resultó ser fray Juan Cebrián, arzobispo de Zaragoza y primado del reino de Aragón. Los restos mortales del príncipe, tras ser embalsamados, fueron trasladados el 16 de octubre por el arzobispo de Zaragoza, don Juan Cebrián, al Monasterio de San Lorenzo de El Escorial. Con la muerte de Baltasar Carlos en Zaragoza, todas las esperanzas depositadas en el joven príncipe llegaron a su fin.